El Dr. Jonathan Eisen es profesor en la Universidad de California Davis, con nombramientos en el Departamento de Evolución en Ecología y el Departamento de Medicina, Microbiología e Inmunología en la Escuela de Medicina, así como en el Centro del Genoma. Es el director del Programa de Investigación Especial del Microbioma de UC Davis y es miembro electo de la Academia Estadounidense de Microbiología. Para su investigación, el Dr. Eisen aplica herramientas genómicas para documentar y dar sentido a la gran diversidad de microbios que viven en diversos entornos en la Tierra, incluidos los microbios beneficiosos y patógenos, que viven en nosotros. El Dr. Eisen ha sido pionero en el uso de herramientas de secuenciación genómica y métodos computacionales para facilitar el descubrimiento de nuevos patógenos como el que estamos tratando en este momento, la pandemia del COVID-19. El Dr. Eisen también es líder en el Movimiento de Acceso Abierto a publicaciones científicas, que ha sido realmente crítico durante la pandemia de COVID-19, ya que los investigadores de todo el mundo se apresuran a producir, asegurar y analizar datos científicos y tratar de dar sentido a esos datos e intentan tomar decisiones rápidas. *Esta introducción fue hecha por el Dr. Santiago Ramírez de la Escuela de Ciencias Biológicas en UC Davis. El video de este ayuntamiento está disponible con subtítulos en inglés y español aquí. Transcripción de la charla del Dr. Eisen He pasado los últimos 30 años, lo que es aterrador, trabajando en el uso de secuenciación del ADN para estudiar microbios. Empecé estudiando estas bacterias raras que vivían dentro de los organismos del fondo del océano y de sedimentos, como gusanos de tubo gigantes que tienen bacterias extrañas que viven dentro de ellos. Y en ese momento, era difícil y costoso hacer secuencias de ADN, así que pasé un año y medio trabajando en este laboratorio. Trabajé como técnico durante un año después de graduarme y generé datos para un único gen de un simbionte bacteriano que vivía dentro de una especie de almeja. En realidad, una sola muestra de almeja de los lechos de algas marinas de Woods Hole, Massachusetts, y me tomó un año y medio leer aproximadamente 1,500 bases de secuencia de ADN de esta bacteria y obtuve un artículo científico de esto. Mi primer artículo científico estudiando bacterias a través de la secuenciación del ADN. Y hoy en mi laboratorio, estudiantes de pregrado y posgrado pueden leer 50 billones de bases de secuencia en un día o dos por 1,000 dólares. Y en todo lo que hay entre ese tiempo, hace 30 años y ahora, he estado trabajando en el uso de secuenciación del ADN para estudiar varios microbios, ya sea microbios que podemos cultivar en el laboratorio o microbios de muestras ambientales. Y he estado por todo el mapa, me gusta todo, no puedo elegir, para bien o para mal. Me mudé a Davis hace unos 15 años y sigo haciendo secuenciación de ADN, pero la mayor parte del trabajo que hemos estado haciendo en los últimos 15 años ha sido usando secuenciación para estudiar comunidades de microbios, el denominado microbioma, como los microbios que viven en las raíces de las plantas o en la piel o en el tracto digestivo humano o en el suelo o en otros lugares. Y en estos casos, estamos haciendo esto, en parte, porque esas comunidades son interesantes, pero también, es la primera vez que hemos podido estudiar muchas de estas comunidades porque la secuenciación de ADN es lo suficientemente económica para estudiar miles de organismos a la vez, básicamente. Y así, he trabajado mucho en las enfermedades infecciosas emergentes a lo largo de los años. El instituto en el que trabajé hizo la secuenciación de ADN para los incidentes de bioterrorismo con ántrax que ocurrieron justo después del 11 de septiembre y fuimos implicados en trabajar con el FBI en la investigación forense relacionada con el ántrax de las cartas y de otras muestras ambientales. Pero estoy interesado en todo acerca de los microbios, incluyendo las enfermedades infecciosas emergentes. Y así, cuando la pandemia comenzó, cambiamos muchas de las cosas en las que nos estamos centrando tanto en términos de comunicación como empezando a hacer algunas investigaciones en esta área tratando de contribuir a estudios de cómo el nuevo coronavirus se propaga en ambientes particulares, lo viable que es en las superficies, si usted puede o no puede infectarse al tocar superficies particulares y también tratando de ayudar a todos en Davis y en California, encontrar maneras con las que podamos contribuir para estudiar esta enfermedad infecciosa emergente. Y ya que la mayor parte de lo que sé es sobre secuenciación de ADN, esa es la parte a la que estoy tratando de contribuir. Así que lo dejaré ahí. Básicamente, si se trata de secuenciación de ADN, sé algo al respecto. Si se trata de la fotografía de aves, me alegra hablar de eso o de ciencia abierta o cualquier cosa en el medio. Transcripción de las preguntas de los estudiantes y los puntos más sobresalientes. P: ¿Cuán importante es entender y catalogar esa vasta diversidad de microbios para predecir la próxima pandemia? Y, ¿Es eso posible? ¿Podemos, conociendo cada microbio que vive en la tierra, podemos hacer una predicción de cuándo va a ser la próxima pandemia? Sí, quiero decir, creo que en realidad hay algunos grupos en UC Davis que han estado involucrados en un proyecto llamado PREDICT que han estado tratando de hacer exactamente este tipo de cosas con patógenos que probablemente saben más sobre esto que yo. Pero tengo un componente de esto con el que he estado un poco obsesionado por alrededor de los últimos 15 años o quizás más tiempo…. Quiero ser capaz de saber cuál es el patrón de distribución de todos los microbios en el planeta con el tiempo, y cómo eso cambia en relación con las condiciones ambientales y en esencia, crear una guía de campo para los microbios, al igual que tenemos una guía de campo para el ave y las mariposas y las orquídeas y cualquier otro tipo de organismo y es una especie de sueño loco porque probablemente hay cientos de millones de especies de microbios en el planeta. Y, por lo tanto, crear una guía de campo real que cubra todos ellos es básicamente imposible. Pero el concepto de la guía de campo es un objetivo muy importante para la diversidad microbiana y se relaciona con Santiago que es que si queremos responder rápidamente a los nuevos microbios que están apareciendo en el lugar equivocado y que en particular podrían ser responsables de una enfermedad infecciosa emergente, tenemos que saber lo que es normal, tenemos que saber cuáles son los patrones normales, de las expectativas de dónde deben estar los microbios, tenemos que saber cómo identificar nuevos microbios incluso si no hemos visto exactamente ese tipo anteriormente, tenemos que ser capaces de saber algo sobre su biología. Así que creo que la creación de un catálogo mundial de diversidad microbiana es muy importante para poder responder, no sólo a las enfermedades infecciosas emergentes, sino al cambio climático, y cualquier otro evento que ocurra en el planeta relacionado con los microbios. Así que en cierto modo he estado impulsando esta idea quizás por 15, 20 años, y no específicamente enfocado en coronavirus o algo parecido. Pero creo que es de particular importancia para las enfermedades infecciosas emergentes tener realmente una comprensión de la gran diversidad de microbios que están presentes en el planeta, de modo que si algo cambia, si uno de ellos aparece en un nuevo lugar o en el lugar equivocado o en el momento equivocado, podemos responder y averiguarlo. P: Usted mencionó su participación en una de las mejores historias policíacas de la historia moderna, que fue después del 9/11, para los estudiantes que no lo saben, alrededor de una semana después del 9/11, se enviaron cartas a empresas de medios de comunicación, a oficinas del Congreso y era un gran misterio de dónde venían. Usted estuvo involucrado en esto y me preguntaba si podría aclararnos cómo, en ese momento, la genómica moderna ayudó a resolver este misterio. Sí, quiero decir, fue una época loca, en primer lugar, justo después del 11 de septiembre. Yo diría que fueron dos semanas después del 11 de septiembre o algo así. Y en realidad, los viajes habían vuelto a reanudarse después del 11 de septiembre, y yo estaba en el Parque Nacional de Yellowstone en una conferencia. De todos modos, en ese momento, este fue obviamente un incidente muy estresante además del 11 de septiembre, tener un ataque con armas biológicas dentro de los Estados Unidos en cartas enviadas a varios lugares. La razón por la que el lugar en el que yo estaba trabajando se involucró en esto, fue por un innovador oficial de programa en la Oficina de Investigación Naval, que previamente nos había conseguido un contrato para secuenciar el primer genoma del ántrax. Así que habíamos estado trabajando por cerca de dos años en generar la secuencia del genoma de una cepa de ántrax. Entonces el ántrax es causado por una bacteria, Bacillus anthracis. Está estrechamente relacionado con un organismo modelo, Bacillus subtilis, pero no mucha gente estaba trabajando en él en ese momento, pero él pensó que iba a ser importante generar datos de organismos que podrían estar relacionados con ataques con armas biológicas. Así que estábamos trabajando en esta cepa particular de ántrax conocida como la cepa Ames, que era una versión de organismo modelo del ántrax. Y cuando las cartas sucedieron, ellos primero acudieron a un científico en Arizona para ayudarles a caracterizar el tipo de ántrax encontrado en las cartas. Este es un tipo llamado Paul Keim, que había estado haciendo estudios basados en PCR de ántrax en todo el mundo. Y demostró muy rápidamente que el ántrax en las cartas estaba estrechamente relacionado con la cepa Ames de ántrax. Así que estábamos trabajando en la secuenciación del genoma de la cepa Ames de ántrax, y al mismo tiempo, la cepa Ames de ántrax estaba en estas cartas. Y muy rápidamente, el FBI y la NIH contactaron a nuestro instituto y elaboraron un contrato para nosotros para la secuenciación del genoma de todas las diferentes muestras que habían sido obtenidas del incidente de bioterrorismo. Y así, había cientos de agentes de policía trabajando en varios aspectos de este caso, todo tipo de diferentes piezas de evidencia. Y lo que pudimos hacer fue generar datos genómicos que, en teoría, podrían ser útiles para hacer, en esencia, los estudios forenses asociados con esta investigación. Y lo que terminó sucediendo fue interesante y un poco aterrador, de lo que rápidamente nos dimos cuenta fue que el ántrax en estas cartas era, en esencia, idéntico a la cepa Ames de ántrax. Y lo que esto significaba era, quiero decir, tenía algunas diferencias de las que hablaré en un momento, pero lo que esto significaba era que alguien obtuvo acceso a la cepa Ames de ántrax y la utilizó para estas cartas. Y, desafortunadamente, miles de personas tenían acceso a la cepa Ames de ántrax en ese momento porque los investigadores la usaban en todo el mundo para estudiar la biología del ántrax y no era trivial tener acceso a ella, pero probablemente miles de personas tenían acceso a ella. Y lo que el FBI quería hacer era tratar de averiguar si había diferencias sutiles entre diferentes versiones de la cepa Ames de ántrax. Así que imagine, en esencia, piense en ello como si alguien le diera una masa madre, y si le dan una masa madre, y luego usted entrega la masa madre a un amigo suyo, esta sería muy, muy similar a la masa madre que usted tenía. Pero tal vez han habido una o dos mutaciones en una de las bacterias de la masa madre, de las que se puede notar la diferencia entre su versión de la masa fermentada y la versión de masa fermentada de otra persona. Y eso requiere mucho trabajo porque el genoma de cualquier bacteria es de millones de bases de largo y si hay una sola mutación que haya sucedido en las millones de bases, eso está bastante bien definido, pero nos dieron mucho dinero para hacer este trabajo, y así nuestro instituto pasó cerca de seis meses o un año generando datos genómicos de todas estas diferentes muestras de ántrax, y demostró que se podía, de hecho, hacer una resolución de escala aún reducida e identificar cuál versión de la cepa Ames de ántrax estaba asociada con estas cartas. En esencia, era la epidemiología volviendo a su pregunta original, el seguimiento de la propagación de la cepa Ames de ántrax entre distintos lugares. Y podría contarle mucho más al respecto. Se convirtió en una investigación aún más complicada, pero básicamente, la secuenciación del ADN ayudó a reducir las posibles fuentes del ántrax utilizado en las cartas, para el incidente terrorista. Y no es diferente de lo que la gente está haciendo ahora con lo que se denomina epidemiología genómica. Si usted tiene una infección bacteriana resistente a los antibióticos propagándose en un hospital, usted puede utilizar los mismos métodos para tratar de determinar quién contagió esa infección a otra persona. Y puede hacer lo mismo, de hecho, con el coronavirus. Y en realidad, ayer, tuvimos una discusión con gente en el hospital de UC Davis sobre la posibilidad de trabajar con ellos en tratar de hacer algunas facciones epidemiológicas dentro del sistema de salud mediante la secuenciación del genoma. P: Una de las preguntas era sobre los genomas virales que muestra el COVID o el SARS-CoV-2 mostrando tasas sorprendentemente bajas de mutación dada su propagación global. ¿Podría comentar las razones de esta estabilidad genética y cómo ha contribuido a la propagación del virus en todo el mundo? Hablamos un poco de esto la última vez, pero es un punto obvio de interés para los estudiantes. Cada organismo tiene su propio mecanismo para copiar su genoma, y muchos virus ARN tienen métodos propensos a errores para copiarlo, y por lo tanto, su tasa de cambio por generación es bastante alta, así que el VIH es un buen ejemplo de esto. Simplemente no copia su genoma muy, muy precisamente en cada ronda de replicación. La mayoría de los organismos como las bacterias en los humanos, cuando copian el genoma, si cometen un error, sus mecanismos de corrección de errores entran y corrigen esos errores, eso es realmente sobre lo que hice mi tesis doctoral en extremófilos, porque trabajé en procesos de mutación y reparación de ADN. Y así algunos organismos hacen esto muy bien y otros no lo hacen tan bien. Resulta que, al menos en los estudios que se han publicado hasta ahora para el nuevo coronavirus, parece que la tasa de error en la replicación no es excepcionalmente alta. Ciertamente en comparación con algunos otros virus ARN, es mucho mejor en la copia de su genoma que muchos de esos otros virus ARN. Y eso significa básicamente que la probabilidad de cambio en cualquier persona, si no sucede nada más, es ciertamente menor de lo que se esperaría, por ejemplo, del VIH, pero está cambiando. Está ciertamente, quiero decir, si miran el gen, hay miles de genomas disponibles ahora para este nuevo coronavirus. Están siendo alquilados de manera abierta en una base de datos que cualquiera puede descargar, mirar y analizar. Esa es una de las cosas que se desarrolló para la pandemia de gripe hace unos 10 años que ahora se utiliza ampliamente para el coronavirus, y lo que la gente ha encontrado es que la tasa de cambio no es excepcionalmente alta. Quiero decir, está cambiando, pero es una especie de tasa evolutiva media, no estudiando la estudiando la tasa de evolución. Pero está ya sea bajo una selección increíblemente fuerte para evitar que ocurran cambios, que pueden ser parte de la historia, o la tasa de errores en la copia del genoma no es excepcionalmente alta. De cualquier manera, no está cambiando a un ritmo extraordinario, lo cual es algo bueno por muchas razones. Esto significa que las vacunas que están dirigidas a regiones particulares del genoma de este organismo o proteínas particulares o partes del organismo son quizás más propensas a funcionar durante un período de tiempo más largo porque pueden no estar cambiando tan rápido. P: En relación con algo de esa discusión, había una pregunta sobre una teoría de conspiración que estuvo ahí por un tiempo, que el SARS-Cov-2 era un transgénico. Y sé que hay un documento que salió recientemente sugiriendo que ese no era el caso. Pero la pregunta era, ¿Cuáles son las herramientas que se pueden utilizar para investigar esto? ¿Existen ciertas características de un virus transgénico? Basándose en lo que nos está diciendo, ¿Cómo lo encontraría? Esa es una muy buena pregunta porque hace unos 15 años, justo antes de mudarme a Davis, cuando escribí mi primer artículo, usando una guía de campo para los microbios, también escribí un documento al mismo tiempo que envié al mismo grupo, DARPA, sobre cómo detectar microbios genéticamente modificados que podrían estar relacionados con un ataque con armas biológicas. Básicamente, la idea se relaciona directamente con la guía de campo de los microbios, que es que usted necesita entender la diversidad genética natural dentro de una población de organismos. Y tiene que entender cómo las personas pueden continuar modificando genéticamente microbios y luego lo que hace es buscar si los patrones de diversidad en un microbio en particular son consistentes con la diversidad natural o si están muy lejos de la diversidad natural, usted busca señales de ingeniería genética. Así que demostramos que se podía hacer esto y que se podía detectar en casos conocidos de armas biológicas modificadas genéticamente. Y creo que eso es básicamente lo que la gente hizo. No hicimos eso para este caso. No hemos trabajado en esto durante unos 10 años pero la gente básicamente hizo ese tipo exacto de análisis en ese documento que usted mencionó y mostraron que los patrones de variación en el nuevo coronavirus son completamente consistentes con que es puramente natural y no, absolutamente ninguna señal de que hubo algún intento de ingeniería. P: Dado que hay variación entre diferentes coronavirus y luego, mientras este coronavirus en particular se expande, cómo empezamos a vincular esos cambios a la comprensión de la función del gen viral o cambios en la función del gen viral que podrían estar conectados al aspecto clínico de lo que este virus está haciendo. ¿Es algo que es fácil de hacer con mucha secuencia? ¿O va a requerir un conjunto completo de científicos examinando interacciones con los huéspedes? No, no, quiero decir, usted puede hacer los dos. Quiero decir, esto es en lo que trabajé durante muchos años en este gran instituto del genoma. En ese entonces no teníamos miles de genomas para organismos en particular. Pero, por ejemplo, obtuvimos 20 genomas para estreptococos y trabajamos con una compañía llamada CHYRON para ayudarles a diseñar vacunas basadas en el análisis de esos genomas y buscando patrones particulares de variación en el genoma que serían consistentes con el sistema inmunitario, reconociendo esas partes particulares del organismo, y los organismos evolucionando de modos en particular. Así que usted puede revisar datos del genoma con ciertos modelos y hacer preguntas sobre, si existen regiones del genoma que están evolucionando de maneras inusuales que son indicativas de algún tipo de selección inusual que se aplica en el organismo, por ejemplo, para la variación en la proteína de superficie, así que eso es lo que estábamos haciendo en estreptococos pero se puede hacer lo mismo con el nuevo coronavirus. Así que hay muchos, quiero decir, hay artículos que se publican todos los días donde la gente está haciendo exactamente eso para el nuevo coronavirus. Es cierto que usted puede hacerlo, pero obtener informes clínicos para relacionarlos con eso u obtener cualquier otro tipo de datos ambientales sobre virulencia o gravedad de los síntomas u otros tipos de información clínica puede hacer que ese tipo de análisis sea mucho, mucho mejor. Y así que hay un gran número de personas, muchos de ellos, algunos en UC Davis, muchos en UCSF, muchos en todo el país que están tratando de tomar miles de genomas que han sido liberados para el nuevo coronavirus e incluir con los datos clínicos asociados con las muestras de las que esos genomas vinieron, para tratar de responder exactamente la pregunta que usted hizo, que es, hay alguna característica en esto que pueda decirnos algo acerca de la función que todavía no conocemos, como, por ejemplo, si solo le dijeran como, "No conozco esto para el coronavirus, "pero en otras bacterias, "hay ciertos tipos de cambios "y algunos genes asociados a la superficie "que permiten a los organismos evitar el sistema inmune". Estoy seguro de que ese tipo de cosas van a estar pasando en este coronavirus. No he visto los documentos sobre esto pero ese es el tipo de cosas que se puede hacer con la integración de datos genómicos con datos clínicos. P: Había una pregunta relacionada y tal vez usted podría profundizar un poco sobre cómo utilizamos ese tipo de información para generar o destinar vacunas o proteínas para vacunas. Creo que la pregunta tenía que ver con cómo se fabrican realmente las vacunas. No hemos llegado a eso en el curso todavía, la idea de que podríamos utilizar virus muertos o que en realidad podríamos destinar proteínas específicas de la superficie o saber qué proteínas de la superficie estaban cambiando para ayudarnos a diseñar vacunas, ¿Es algo de lo que podría hablarnos un poco? No trabajo ahora mismo en nada que tenga que ver con el diseño de vacunas, pero he trabajado anteriormente en el análisis computacional que identificaría candidatos, regiones del genoma de un organismo que podrían ser de interés. Y entonces, lo que hicimos es básicamente el mismo tipo de cosa que usted podría hacer en este caso, que es que usted puede preguntar entonces para el nuevo coronavirus, puede preguntar, ¿hay alguna región de cualquiera de los genes que están evolucionando de tal manera que sugiere que están muy limitados? Así que si están muy limitados, es decir que no pueden cambiar mucho con el tiempo, pueden ser un buen objetivo para el desarrollo de una vacuna porque entonces si usted se dirige a esa región del coronavirus por una vacuna, es más probable que sea eficaz con el tiempo porque es una región del genoma del organismo, es decir, el organismo tiene dificultades para cambiar. Así que esa es una forma en que la gente diseña los objetivos de las vacunas. Pero otra forma que es importante es que no quieres solo destinar una región del genoma que no cambia. Quieres asegurarse de que está apuntando a una parte del organismo que es visible para el sistema inmunitario del huésped que le interesa, en este caso, los humanos. Así que si estimula el sistema inmunitario de los humanos para reconocer una parte del coronavirus que nunca está expuesta al sistema inmunitario humano, no va a ayudarle porque después cuando se infecte con un nuevo coronavirus, su sistema inmunitario nunca verá esa parte del virus. Así que usted tiene que equilibrar el objetivo de tratar de centrarse en las regiones conservadas. Estamos tratando de apuntar a las regiones que el sistema inmunitario reconocerá cuando usted tenga una nueva infección. P: Cómo las publicaciones de acceso abierto pueden hacer una diferencia en la comunicación de la ciencia durante una pandemia. ¿Se puede encontrar un punto medio en el que el acceso abierto y las industrias privadas puedan beneficiarse? ¿Cuál es el mayor obstáculo en el acceso abierto? Qué más, El acceso abierto se está utilizando en este momento para compartir datos, que creo que ya lo ha abordado un poco. Así que los estudiantes están haciendo muchas preguntas sobre la información de acceso abierto. Sí, he estado muy involucrado en lo que podría llamarse en términos generales el Movimiento de Ciencia Abierta. Y un componente de la Ciencia Abierta es el acceso abierto a la literatura científica y el otro componente es el acceso abierto a datos científicos. Otro componente es el software de código abierto y el acceso abierto a una especie de herramientas, y hay todo tipo de componentes diferentes para la Ciencia Abierta, y hay muchos beneficios para la transparencia, hay algunos inconvenientes y aspectos negativos de la transparencia. Y encontrar el equilibrio adecuado siempre es un reto. Sólo quiero mencionar lo relacionado con el caso del ántrax, que siempre encuentro muy interesante. Cuando estábamos haciendo el trabajo sobre el ántrax, estábamos un poco preocupados de que la gente no iba a ser permitida a publicar los resultados porque esta era una investigación criminal y de todas las personas estaba tan sorprendido, de que el FBI estaba más a favor de que todos los datos se divulgaran lo más abiertamente posible. Y tuvieron este gran argumento, que era que no tenían todos los expertos en el mundo que supieran cómo trabajar en el ántrax así que querían ayuda de otras personas. Y cuanto más se publicaron abiertamente los datos, y cuanto más se dieron a conocer abiertamente los documentos, era más probable que la gente ayudara a analizar ese tipo de datos. Así que he estado involucrado en esto incluso desde que era estudiante de pregrado, algunos tipos de transparencia. Así que el acceso abierto a las publicaciones es en realidad muy importante para la difusión del conocimiento científico, así que trabajé en un centro genómico, que lideraba la revolución genómica, pero solo teníamos dos personas, y básicamente no teníamos suscripciones a revistas. Y fue una locura, estamos haciendo un trabajo de vanguardia en genómica, y no pude acceder a la literatura científica sobre, por ejemplo, el ántrax, y fue increíblemente frustrante. Ahí fue cuando empecé a involucrarme en el movimiento de acceso abierto a la literatura científica y es muy, muy importante para los científicos no tener limitaciones en lo que pueden leer y lo que pueden compartir con otras personas y los estudiantes también, tener esos conocimientos científicos y literatura disponibles. Y creo que lo mismo ocurre en general con los datos científicos y otras herramientas científicas. Una vez más, la pregunta era sobre empresas, y el equilibrio con las empresas. La mayoría de las empresas con las que he interactuado también quieren acceso a toda la literatura científica. No necesariamente quieren compartir su información privada, pero ciertamente quieren tener acceso, y creo que deberían tener acceso a publicaciones y datos generados por fondos públicos. Así que no creo que debamos decirle a toda empresa que necesita publicar su información privada sobre estudios particulares; ellos no van a tener incentivos para invertir en tipos particulares de trabajo en muchos casos. El NIH pone billones, 20 billones de dolares al año en investigación biomédica y la NSF pone 2 billones de dolares al año o algo así, y el objetivo de ese conocimiento científico y ese material, esos datos, la publicación debe ser libre y abiertamente disponible y sin duda, en caso de pandemia, es realmente triste e interesante lo que sucede, lo que pasó con el brote de gripe, escribí en mi blog sobre eso hace 10 años quejándome y lo que está sucediendo ahora son revistas científicas cerradas que no permiten el libre acceso a su literatura científica. Cuando suceden pandemias graves, de repente se anuncia, "Vamos a hacer nuestras publicaciones "sobre coronavirus "disponibles gratuitamente durante los próximos tres meses". "Oh, no somos geniales, "deberíamos conseguir una gran palmadita en la cabeza "y todo el mundo debe tocar trompetas para nosotros "porque estamos haciendo este material "disponible gratuitamente "durante unos meses". Y mi respuesta a eso es, "Hubiéramos podido responder mejor "al brote de coronavirus si la gente hubiera "tenido acceso a esa literatura antes de la pandemia, "no después de que haya ocurrido". Así que es genial que lo estén poniendo a disposición, y es cierto que es muy útil tenerlo todo disponible durante una pandemia. También es útil tenerlo disponible en otros momentos. P: Retomando a partir de eso, es decir, cuando las posibilidades de que haya una gran cantidad de investigación que se lleva a cabo en las empresas, y termina dando resultados negativos que nunca se publican y nunca salen a la luz y que serían muy útiles de tener para el progreso de los campos sabiendo lo que las empresas ya han comenzado. Quiero decir, el SARS original creo que tuvo un intento de vacuna que parece que no llegó a ningún lugar, no estoy muy seguro si hubo realmente buenos estudios sobre eso o no. Así que, quiero decir, está en el otro lado pero está este... este agujero negro a donde probablemente van buenos experimentos y las empresas no están siendo informadas por una razón u otra, al menos esa es mi opinión. Así que tengo curiosidad por saber qué piensa de eso. No, quiero decir, eso es realmente cierto. He estado implicado en ayudar a algunas personas a crear estos. Hay algunos periódicos que están publicando resultados negativos. Hay algunas revistas que yo, muchas revistas como esta llamada PLOS ONE y hay una llamada PeerJ, en las que los principios detrás de las revistas son que van a publicar cualquier cosa que sea científicamente valida, y tienen que tener un nuevo resultado que podría, de hecho, ser un resultado negativo. No tiene que tener un resultado positivo. Publicarán cualquier cosa que sea científicamente valida. Y es sumamente importante que lo hagamos. Y parte de las dificultades con las empresas es que hay muy pocos incentivos para que publiquen esos resultados negativos y ayudarles necesariamente de muchas maneras. Así que lo que tenemos que hacer es encontrar mejores maneras de incentivar a todo el mundo, tanto académicos como personas o empresas para publicar ese tipo de resultados, ya sea porque obtienen crédito por un resultado añadido de alguna manera o porque consiguieron algún financiamiento adicional o algo por el estilo. Porque si hay un sesgo enorme en mucha de la literatura y no se publica, hay movimientos para que los ensayos clínicos requieran que las personas publiquen los resultados de los ensayos clínicos, sean o no negativos o positivos, pero eso no se ha difundido lo suficiente. P: ¿Resultados negativos, lo que significa que no se encontraron correlaciones? Sí, así que hay datos pero no apoyan la hipótesis. A menudo, simplemente no se reporta porque no se ve como un resultado sexy, por no decir un término más adecuado. O incluso hay una cosa similar de un resultado negativo, que es un resultado confirmatorio, que con frecuencia tampoco se publica porque ya no se considera novedoso. Ambas cosas, no publicar algo donde usted, no pudo refutar una hipótesis en particular, o no obtuvo suficientes datos para abordar algo o acaba de comprobar el trabajo de otra persona. También hay menos incentivos para publicar eso, y necesitamos que ambos sean publicados. P: Esta pregunta está relacionado con la propagación de COVID-19 en California. Y que hay una teoría que está latente. No estoy muy seguro de dónde vino. No sé si ha oído eso. Tal vez al abordar esta idea, esto se relaciona un poco en la epidemiología que ha estado pasando esta semana. Y tal vez explicar por qué no hay tantos casos en el Condado de Yolo como en cualquier otro lugar, pero tal vez usted quería tocar eso. Bueno, no estoy seguro de que hubiera muchas noticias que se hayan hecho virales, por así decirlo, en el último día o dos sobre esta idea que algunas personas estaban proponiendo; que en el otoño, la gente se estaba enfermando y podría haber estado relacionado con el coronavirus que ya se había propagado en California. Hay un excelente artículo en Slate que fue publicado hoy básicamente diciendo que es un montón de basura, que simplemente no hay absolutamente ninguna evidencia de que el coronavirus apareciera en California en el otoño anterior, en realidad, un poco más tarde en enero o febrero. Por lo tanto, es ciertamente el caso, conocer muchos detalles sobre esa fracción de la población que ha sido infectada en California con la propagación que ha estado sucediendo actualmente. No sabemos mucho sobre, en esencia, cuántas personas tienen pocos síntomas o ningún síntoma en absoluto o la distribución por edad de esas personas sin síntomas, y eso es porque no hemos hecho muchas pruebas en cualquier parte del país, en cualquier parte del mundo, excepto por unos pocos lugares. Así que no sabemos mucho sobre la línea de base. Desafortunadamente, ahora mismo en California y otros lugares hay personas que están lo suficientemente enfermas como para que quieran hacerse una prueba o ir al hospital y hacerse la prueba allí. Así que no sabemos mucho sobre el suelo infectado en muchos lugares. Finalmente están haciendo algunos estudios que abordaron eso y empezaron a obtener información sobre los antecedentes del nivel de infección. Y también, puede usar pruebas de anticuerpos para ver si las personas han sido infectadas o no en el pasado. Y esas pruebas también serán aumentadas en el próximo par de semanas. P: Sí, no estoy completamente seguro de dónde vino, la idea de que un virus podría ser latente. Así que, quiero decir, tal vez podríamos tocar la idea de que a medida que el virus se propaga, ¿hay una posibilidad de que se consuma/desaparezca de alguna manera? Quiero decir, obviamente, hay una respuesta inmune que comienza a tomar el control en la población y lo adaptable que es el virus. Esto se remonta a la pregunta anterior de Santiago sobre lo que podemos aprender acerca de otras enfermedades infecciosas emergentes, que es que en algunos casos, en casos anteriores de enfermedades infecciosas emergentes, un nuevo patógeno emergerá ya sea porque saltó de animales a humanos o se sometió a algún tipo de proceso de mutación extraño como sucede con la recombinación de influenza, y luego es muy virulenta, muy peligrosa, infecta a muchas personas. Y puede experimentar una evolución y un proceso que generalmente se llama atenuación donde en realidad, algunas de ellas pueden volverse menos peligrosas con el tiempo. Y eso sucede por una variedad de razones. Para algunos tipos de patógenos, en realidad es beneficioso el no enfermar a las personas tanto como sea posible, porque para algunos tipos de infección les permite de hecho propagarse mejor. Si enferma a alguien de verdad, como con el Ébola, el ataque del virus del Ébola tiene dificultades para propagarse en parte porque hace que la gente se sienta tan increíblemente enferma, que es obvio que están enfermos y las personas querrán alejarse de ellos, además de que no viajan y no hacen muchas cosas. Si un virus fuera, una especie de pregunta relacionada, si fuera mucho menos peligroso, podría ser capaz de propagarse mejor y eso puede ser una manera de que la selección natural pueda hacer que ciertos tipos de patógenos sean menos perjudiciales con el tiempo y eso se ha visto con una variedad de otras enfermedades infecciosas en plantas, animales, y en humanos. Desafortunadamente, no hay evidencia de que eso esté pasando con el nuevo coronavirus. Ciertamente, no hay evidencia de que la virulencia haya bajado en el curso de esta infección, todavía podría. Pero no hay evidencia en este momento. Más allá de que pueda suceder, por supuesto, como usted estaba diciendo, si suficientes personas en la población se vuelven inmunes, la tasa de propagación puede bajar, porque entonces una persona que está enferma choca con otra persona, si esa persona es inmune, no se propaga a esa persona o a otra persona desde esa persona. Así que ese es el concepto general de inmunidad de grupo. Es casi seguro que no hayamos alcanzado el nivel de inmunidad requerido o cantidades significativas de inmunidad de grupo en los Estados Unidos. P: Alguien había leído que en Islandia, están haciendo pruebas generalizadas con una gran población. Las personas infectadas resultan ser asintomáticas. ¿Podría ser eso cierto aquí? Y obviamente, ¿qué implicaría eso para el futuro de la pandemia? En Islandia, cerca del 10% de la población. Eso es lo que leí en una noticia de ayer tal vez y no están haciendo pruebas completamente aleatorias, pero en muchos casos, básicamente están haciendo pruebas a personas aleatorias. Usted puede tener buenas ideas de lo que la frecuencia de la población es, imparcial por quién está enfermo o quién no está enfermo. Y por lo tanto, es cierto sobre un gran número de personas que están dando positivo en las pruebas, que tienen muy pocos síntomas o son completamente asintomáticos y casi seguramente lo mismo está sucediendo aquí. No hay razón para pensar que funcionaría de manera diferente en Islandia y luego esto también se muestra en algunas pruebas que se hicieron en China y en algunos otros lugares. Así que es muy, muy probable que un gran número de las personas que están infectadas o bien sean asintomáticas o tengan síntomas muy sutiles que están atribuyendo a alergias u otras molestias menores. Y no sé si la gente lo sabe pero los informes originales sobre este virus e infecciones se centraron en los síntomas iniciales relacionados con la fiebre y la tos y luego progresando a infecciones pulmonares y neumonía y posiblemente otros problemas. Hay una enorme diversidad de fenotipos que han sido asociados con este virus que la gente ha estado registrando, y algunas personas no tienen fiebre, algunas personas no tienen tos, pero tienen problemas digestivos o tienen una pérdida del olfato. La gente puede haber oído que eso está ocurriendo o hay una variedad de otros síntomas que este virus parece estar causando y no está claro por qué algunas personas tienen algunos síntomas y por qué otras personas tienen otros y por qué algunas personas puede que no tengan síntomas. Pero esa es una de las cosas realmente difíciles, ¿verdad?, es si queremos detener la transmisión, si un gran número de personas son asintomáticas, pero están infectadas, la única solución para resolver esto entonces es hacer pruebas, es aumentar muchas pruebas para poder controlar la propagación. P: Abogar por secuenciar grandes poblaciones de microbios, en este caso, los virus podría ser bastante poderoso. Pero en el lado del huésped, hay claramente variación genética dentro de la población, ya sea variación epigenética o variación genética, hay claramente algo que está cambiando cómo la gente reacciona al virus. Así que quizás usted podría comentar un poco sobre esas preguntas y esa idea? Sí, quiero decir, no hay muchos datos reportados aún sobre el lado genético de la susceptibilidad, pero básicamente se puede imaginar casi cualquier rasgo del huésped y eso incluiría genética, estado de salud, en particular, el estado inmune, ciertamente, el funcionamiento del sistema inmunitario y la exposición previa a determinados patógenos o familiares del coronavirus. Y luego una variedad de otras características que claramente están relacionadas con la susceptibilidad. El que tiene mayor cobertura es la edad. La edad es claramente un factor muy importante para determinar la gravedad de la infección en las personas y hay muchas hipótesis sobre eso. La mayoría de ellas se relacionan con el funcionamiento del sistema inmunitario, pero no creo que la gente realmente sepa lo que está pasando allí. Así que soy un diabético tipo I. Los diabéticos tienen un riesgo muy alto a la gravedad de las infecciones. No está claro si es diabetes tipo II y tipo I o posiblemente sólo tipo II, no lo sé. Pero estoy en una categoría de alto riesgo. Es por eso que estoy sentado en mi jardín y no voy e interactúo con cualquier otra persona que no sea mi familia, y no dejar que mi familia vaya a interactuar con nadie. Y por eso no está claro por qué la diabetes es un factor de riesgo particular. Hay modelos que lo explican. Y así usted puede añadir encima de todas esas cosas, que la genética ciertamente podría contribuir a los riesgos, ya sea que tenga algún polimorfismo en el receptor del virus. Así que el virus se une a un tipo particular de proteína y las células de estos son algunas vías para la infección. Hace todo tipo de otras cosas, y cualquier variación genética, y cualquiera de esos factores podría conducir a susceptibilidad diferencial. Pero hasta ahora, no ha habido muchos artículos sobre ese lado de la historia. Estoy seguro de que saldrán cualquier día. P: Hubo algunos casos aparentemente en China, Japón, Corea del Sur, supongo, nuestros estudiantes leen las noticias, lo que es bueno, que fueron diagnosticados con COVID-19, se recuperaron, y luego fueron reingresados después de dar positivo por el virus. Supongo que la cuestión general es sobre superar el virus, la enfermedad y ser expuesto de nuevo, o de alguna manera enfermarse de nuevo. ¿Sabemos algo…? No. He leído muchos de los artículos detrás de eso y un montón de reportajes. Esta es una pregunta increíblemente importante. Una de las preguntas más importantes sobre lo que está pasando es después de que usted ha sido infectado y recuperado o potencialmente recuperado, ¿es usted inmune? ¿Es inmune a una infección posterior? Y en realidad no sabemos la respuesta a esta pregunta, lo que es un poco aterrador. Si las personas no son inmunes después de estar infectadas, pueden volver a infectarse. Y actualmente, aún no sabemos si la gente va a desarrollar una inmunidad a corto o largo plazo basada en la infección. Sin embargo, los informes sobre la reinfección de posibles personas en todos los casos que se han publicado hasta ahora, son personas que fueron infectadas muy recientemente. Quiero decir, es un nuevo brote, así que la mayoría de las personas son infectadas muy recientemente, y se han reportado como limpios, es decir, han dado negativo, tal vez dos veces. Pero en la forma en que funcionan las pruebas, hay muchos falsos negativos. Más del 60% hasta el 70% de algunas de las pruebas han reportado resultados incorrectos de falsos negativos dependiendo de qué prueba se está utilizando. Así que la mayoría de las personas que he visto que son virólogos o epidemiólogos o personas con enfermedades infecciosas piensan que las personas que están regresando al hospital, diciendo que ahora están infectados de nuevo después de recibir el visto bueno, nunca fueron realmente limpiados de la infección. Eso es lo que la mayoría de la gente piensa. Es decir, dieron negativo, pero era un falso negativo o sólo tenían una baja en la cantidad de virus en ellos, pero todavía no habían eliminado el virus de sus sistemas. Así que aún no hay evidencia de que alguien después de estar infectado y completamente limpio pueda volver a infectarse rápidamente. Eso no se ha demostrado todavía. P: Los estudiantes querían saber qué herramientas se estaban utilizando para secuenciar genomas de los virus, de los virus ARN, ¿cómo funcionan? Y tal vez aclarar un poco. Creo que vamos a llegar a esto en el curso, sobre algunas de las herramientas que utilizamos para tratar de detectar los virus, pero hay un montón de cosas que están pasando en este momento. Y tal vez una rápida discusión de eso, desde su perspectiva sería útil. Si quiere detectar el virus en una persona, hay básicamente tres maneras en que la gente intenta hacer esto, son tres formas principales. Una es con un ensayo de anticuerpos, donde básicamente se toma una muestra y luego la expone a anticuerpos que se sabe que reconocen este virus en particular y se puede demostrar, eso es parecido a cómo funcionan las pruebas de embarazo y una variedad de otras cosas. Puede mostrar que hay un resultado positivo en la unión a ese anticuerpo en particular. Otra forma es que de hecho se puede cultivar el virus en un cultivo de tejidos/células en el laboratorio, así que usted puede ver si se pueden infectar células en el laboratorio y cuantificar o caracterizar si el virus está o no presente en las muestras. Pero la mayoría de las pruebas que la gente está usando para detectar el virus implican observar la presencia del ARN del genoma del virus. Y la forma en que esto funciona es básicamente tomando su hisopo, su muestra, extraes, y usted ejecuta una reacción química que extrae ácidos nucleicos, ARN de la muestra, y luego usted ejecuta algún método de detección molecular como la reacción en cadena de la polimerasa para ver si se puede detectar o no la presencia de ese ARN específico en la muestra. Si quiere ir más allá y secuenciar el genoma del organismo, no sólo detectar si está presente o no, es muy similar. Usted sólo toma los productos de esa reacción PCR y luego lleva a cabo reacciones de secuenciación de ADN de esos productos. Así que hay probablemente 50 diferentes métodos que la gente ya ha desarrollado para hacer esto. Lamentablemente, el primer método que fue recomendado en los Estados Unidos por el CDC no funcionó muy bien. Creó una especie de desfase en algunos de estos, pero hay están ahora, UC Davis desarrolló un método que acaba de arrancar hace una semana y media. Tienen un conjunto de equipos que creo que ahora pueden hacer 200 pruebas al día. La UCSF desarrolló su propio protocolo. Ellos pueden hacer unas 1.000 pruebas al día. Berkeley desarrolló un protocolo. Stanford, quiero decir, todo el mundo está desarrollando protocolos, y de nuevo, volviendo al movimiento de ciencia abierta. Afortunadamente, todo el mundo también está compartiendo los detalles de todos sus protocolos para que la gente pueda iniciar nuevas instalaciones para pruebas muy rápidamente. P: Sería razonable que la población de California se hiciera pruebas aleatorias para entender esta cuestión de lo buenas que son nuestras pruebas, y si podemos detectar esa población asintomática, o si informaría mucho mejor a nuestro modelo. ¿Es algo que tenemos la capacidad de hacer y por lo que abogaría si tenemos esa capacidad? Oh, ciertamente abogaría por ello. Depende del tipo de pruebas que usted quiera hacer. Creo que muy pronto, esta prueba para determinar si tiene o no los anticuerpos en su sangre va a estar en línea. Es decir, si usted ha estado expuesto al virus y produjo anticuerpos en el pasado, esas pruebas probablemente van a estar en línea pronto y tienen sin duda el potencial para hacer cientos de miles de esas pruebas, porque funciona de la misma manera que básicamente cualquier otro examen de sangre. Y hay miles de laboratorios que pueden hacer análisis de sangre. No tienen que hacer nada diferente. Las pruebas de detección de ADN, y aquí está la cosa realmente extraña e interesante que supongo sobre estos tiempos, y es que la parte PCR del proceso no es de hecho limitante de velocidad. Desafortunadamente, algunas otras cosas que están esperando, voy a incluir hisopos. Los hisopos que se utilizan para muestreos nasofaríngeos están en suministro limitado en este momento. Y así en esta conferencia telefónica que tuvimos hoy temprano con gente en el hospital y de todo el campus que están trabajando en esto, dijeron que la gente en, creo, el departamento de ingeniería biomédica, están imprimiendo hisopos para utilizar ahora en algunos de los muestreos nasofaríngeos, porque en todo el país las personas se están quedando sin hisopos para hacer esta prueba. Así que todavía tomará unas semanas tal vez, para resolver algunos de estos problemas de suministro y aumentar todo lo suficiente como para hacer muchas más pruebas. Afortunadamente, el gobernador de California anunció un grupo de trabajo centrado explícitamente en el aumento, el aumento masivo de pruebas dentro de California. Esto fue hace cuatro o cinco días que anunciaron este grupo de trabajo. Y esa es una de las cosas en las que van a estar trabajando es como, ¿qué es esta limitación de velocidad? Así que otra resulta ser los químicos usados para extraer ARN de las muestras. Los kits que la gente estaba usando para esto, de los que usted compraría básicamente una caja que vendría con 100 tubos pequeños que fueron pre seleccionados con este buffer de extracción de ARN de los que se han agotado para todo el mundo. Y así, la gente está luchando para tratar de encontrar los reactivos para hacer la extracción de ARN. Estoy en el Consejo Asesor Científico de una compañía que fabrica algunos de estos reactivos. Y sorprendentemente, esto fue hace como dos semanas cuando esto era un problema aún mayor, Yo fui llamado por alguien de otro estado que dirige toda la División de Salud Pública en ese estado, que estaba desesperado por obtener reactivos de extracción de ARN y quería saber si podía conectarlo con la gente de esta compañía y vendió el reactivo de extracción de ARN. Así que es increíble cómo, quiero decir, tristemente, lo poco preparados que estábamos para poder lidiar con una pandemia de esta proporción. P: Hay un montón de compañías por ahí que están probando una variedad de enfoques. Y el estudiante estaba preguntando cómo afecta a las estimaciones hasta que haya una vacuna disponible para el público. Lo sé, vi cosas en mi newsfeed esta mañana sobre eso y no tuve tiempo de leerlo, así que sé que este es un tema de actualidad. Sí, quiero decir, he ayudado con esto hace tiempo con vacunas relacionadas con bacterias. No hago mucho en este momento. Así que no sé mucho, son simplemente, es increíble. Quiero decir, probablemente hay, yo diría que al menos 50 vacunas candidatas que están siendo probadas en todo el mundo por diferentes compañías o diferentes instituciones académicas, probablemente más que eso. Y sabe, el camino normal para desarrollar una vacuna para una nueva enfermedad infecciosa son los años. Como tres, cuatro, cinco años. La estimación que Tony Fauci y otras personas hicieron, diciendo, "podríamos ser capaces de hacer esto en 18 meses", se considera optimista por muchas de las personas que han trabajado en vacunas anteriormente. Pero si realmente mira a lo que están tratando de resolver allí, hay algunas razones para esperar que las cosas podrían desarrollarse un poco más rápido que los tres años o incluso entonces el proceso de desarrollo de 18 meses. Debido a que algunos de los pasos que han estado limitando en el pasado, pueden eludir algunas de esas cuestiones. Por ejemplo, no son, quiero decir, es un poco aterrador, pero no están haciendo tantas pruebas con animales. Están saltando directamente a las pruebas con humanos para algunas de las vacunas. La financiación, puede tomar un tiempo desarrollar la financiación y desarrollar los grupos de personas que se utilizan para el desarrollo de una vacuna para una nueva enfermedad infecciosa. Hay un enorme incentivo para que la gente colabore en esto ahora mismo debido al grado de severidad de la pandemia. Así que, Bill Gates anunció, que está poniendo, se me olvidó lo que es, un billón de dólares en fondos para los planes de distribución de vacunas, porque uno de los problemas no es sólo desarrollar y probar una vacuna, pero una vez que demuestra que una vacuna funciona, tiene que hacer, si son los Estados Unidos, tiene que hacer 300 millones de dosis de ella. Es increíble lo complicado que es hacerlo a escala. Y si queremos hacerla para el mundo, son billones de dosis. P: He visto artículos volando por mi newsfeed, vilipendiado a las compañías sobre el resultado final y si están siendo realmente útiles en la fabricación de vacunas. ¿Tiene alguna idea sobre esto? Es muy difícil leer las noticias y saber qué creer o no creer. Oh, quiero decir, creo que, al igual que en cualquier otra parte de los esfuerzos humanos, hay diversidad de respuestas a este tipo de cosas. Así que, quiero decir, vi algunas de los reportajes sobre una compañía en particular que estaba haciendo ventiladores y era reacia a compartir las especificaciones de su ventilador particular que estaban desarrollando. Y creo que tenían algún contrato que finalmente firmaron con GM o Ford o alguna otra organización para hacer su ventilador, y estoy seguro de que es un cálculo complicado que algunas compañías están haciendo para tratar de decidir, ¿qué tan abierta quiero ser?, contra, ¿cómo quiero intentar y de hecho conseguir un contrato para hacer esto desde otra entidad?, y seguir en el negocio. Así que, entiendo que es un equilibrio que la gente tiene que hacer. Creo que en general estoy impresionado con la cantidad de compartición que está sucediendo en las compañías, relacionada con ventiladores y vacunas e información y otras cosas. Así que creo que han sido, en general, mucho mejores que en tiempos normales. Y están respondiendo en su mayoría muy positivamente y muy desinteresadamente a lo que está pasando, para intentar ayudar. Así que en general, creo que ha sido bastante bueno, pero ciertamente hay algunas compañías que no están ayudando tanto como podrían. P: Qué fuentes nosotros, como profesores, y voy a dejar que usted responda primero de todos modos, encontramos como las más precisas para mantenerse al día con ya sea información emergente sobre el virus y la biología u otras fuentes, supongo. Sí, es tan difícil, quiero decir, así que es un poco divertido y raro para mí, en cierto sentido, porque mi formación es básicamente epidemiología genómica de los microbios y la evolución y filogenia de los microbios y alta caracterización de patógenos y todas estas cosas que están justo en el centro de todo lo que está pasando en este momento. Así que un gran número de las personas que están en las noticias todos los días comentando acerca de sus modelos, sus modelos epidemiológicos y demás. Todos son amigos míos y muchos de ellos lo son y puedo hacer trampa porque todos los días veo algo que no entiendo y de lo que o soy escéptico o no sé lo que está pasando. Sólo les envío mensajes y les pido ayuda. Así que tengo un tiempo muy difícil, la cantidad de información es asombrosa, la rapidez con la que las cosas ha sido sorprendente. Así que, por ejemplo, sólo un pequeño espacio en esa área, la publicación de lo que llaman prepublicaciones. Así que las prepublicaciones son algo relativamente nuevo en biología. Han estado presentes durante mucho tiempo en física y matemáticas pero en biología, despegaron hace uno 10 años con la creación de un lugar llamado bioRxiv. Y lo que son, son personas que publican, en esencia, un PDF de su publicación científica antes de ser revisada por otros científicos, antes de ser publicada en una publicación oficial de una revista y lo están lanzando para ayudar a difundir el conocimiento científico o para replantear el territorio o lo que sea, lo están publicando temprano y muy rápidamente y esto ha sido increíble en el caso de esta pandemia. Hay de docenas a cientos de nuevos documentos relacionados con COVID-19 publicados en bioRxiv cada semana. Y luego, una versión equivalente ahora llamada MedArch, y hay un archivo, y ha habido toneladas y toneladas de publicaciones editadas. Y el problema es que son demasiadas para que incluso los expertos las analicen ahora mismo. Así que he estado leyendo un montón de ellas en mi área particular en la que estamos trabajando relacionados con el virus, lo que es la viabilidad del virus en el entorno edificado en las superficies y la dinámica de transmisión del virus. En realidad vamos a trabajar en esto. Y hay como un día sobre este tema, y algunos de ellos tienen como 70 páginas de largo, siete tablas y es sólo... no puedo continuar. Y cuando leo algunos de ellos, digo, "Oh, esto es completamente falso" o "Esto parece realista", sólo es muy difícil. Así que creo que lo que tiene que hacer es encontrar fuentes confiables que realmente le gustan o en las que confía y seguir leyéndolas. Así que tengo una lista de personas que sigo en Twitter que creo que son muy buenas sobre esta área en particular y leo cosas en periódicos o revistas determinados que creo que son muy buenos. P: Creo que es importante que los estudiantes conozcan el proceso de revisión por pares y que puedan entender bioRxiv como un buen lugar para ir a consultar documentos, pero tiene que entender que todavía no han sido revisados por pares, no significa que estén equivocados, Sólo significa que tiene que tomarlos con cautela. Lo que debo añadir, quiero decir, una de las razones por las que realmente me gusta la divulgación de bioRxiv, es que estoy en su junta asesora y he estado involucrado con bioRxiv desde que empezó. Me gusta porque para los estudiantes pero la revisión por pares no es lo que la gente cree. La revisión por pares no está diciendo si una publicación es correcta o no, son básicamente dos o tres personas que leen una publicación y tratan de hacer algún tipo de selección de la publicación. Muchas cosas pasan por la revisión de pares que son completamente falsas. Algunas cosas son atrapadas por la revisión por pares y la revisión por pares puede aportar calidad a la literatura científica, pero no significa que una publicación sea correcta. Así que la gente que dice, "Oh, después de la revisión por pares, "podemos confiar en algo". Eso no es verdad. Usted todavía tiene que ser escéptico de cualquier cosa, incluso si ha pasado por la revisión por pares, pero ciertamente, con las cosas que no han pasado por la revisión por pares usted debe ser más escéptico. P: Voy a devolverlo un poco a la filogenia. Hubo un par de preguntas desde el principio sobre virus estando vivo o no, ¿Dónde caerían en el árbol de la vida? Creo que esto vino de uno de sus estudiantes de BIS 2C. Bueno, ella debería saberlo. Así que hay tres teorías principales sobre de dónde vienen los virus, y probablemente todas son ciertas. Simplemente no todas se aplican a todos los diferentes tipos de virus. La diversidad de virus es enorme. Hay muchos tipos diferentes de virus. Y no está claro y es casi seguro que los virus no están todos relacionados entre sí. Así que los modelos son básicamente, los modelos son que los virus representan organismos celulares altamente reducidos. Así que comenzó como un organismo celular y tiró muchos de sus componentes, incluyendo la célula misma y se queda con sólo un poco de maquinaria básicamente para propagarse entre los organismos. Hay un modelo neural cuyos virus son, en esencia, un componente liberado de una célula, como un elemento transponible que es una pieza de ADN que se mueve entre diferentes partes del cromosoma. Todo lo que tiene que hacer es añadir un pequeño paquete de proteínas en el exterior de ese elemento transponible, y en esencia, puede funcionar de cierta forma como un virus. Y eso sin duda parece ser el caso de algunas cosas como el VIH, que se conocen como retroelementos. Son muy, muy similares, en muchos aspectos, a lo que se conoce como retrotransposones. Y luego la tercera teoría es que los virus son reliquias del origen de la vida, y es que ellos representan otra rama en el árbol de la vida que queda de la evolución temprana. Cuando solíamos pensar que había tres ramas principales en el árbol de la vida, el llamado árbol de la vida de los tres dominios. Algunas personas dijeron que los virus representaban el cuarto dominio, la cuarta rama en el árbol de la vida. De hecho, la persona principal detrás de la teoría fue Didier Raoult, el investigador de la hidroxicloroquina. El y yo nos conocemos ya que publicamos un artículo sugiriendo que había algunas secuencias extrañas de ADN en el ambiente que podrían representar una posible cuarta rama en el árbol de la vida. Y me invitó a dar un seminario en Marseille, que hice hace unos cinco años, y él era mi anfitrión allí y hablamos de virus extraños que podrían representar reliquias milenarias de la antigüedad. Y todas esas teorías son probablemente ciertas. Algunos virus son probablemente sobrantes de hace miles de millones de años, tal vez representando una rama nueva en el árbol de la vida. Algunos virus probablemente representan porciones liberadas de células individuales y algunos virus, probablemente representan versiones muy reducidas de organismos celulares. P: ¿Donde ve esta pandemia en términos de científicos interactuando con el público en general y tal vez recuperando la reputación o moviéndose en una nueva dirección donde los expertos en áreas muy específicas de investigación puedan de hecho colaborar con el público en general y educar al público en general y lo que usted estaba diciendo aquí y también manejando la desinformación?. Sí, quiero decir, creo que es un poco de ambas cosas. Quiero decir, los científicos han estado haciendo un muy buen trabajo, creo que en los últimos meses en tratar de involucrar a otros científicos y al público en discusiones de cosas relacionadas con la pandemia. Quiero decir, el área número uno en la que la gente realmente hizo mucho, fue en toda esta idea de aplanar la curva, de tratar de reducir las distancias físicas y sociales con el fin de reducir la tasa de propagación del virus. Y muchos científicos que conozco pasaron mucho tiempo en sus comunidades locales tratando de convencer a la gente de que esto era importante y creo que lo hicieron muy bien. Creo que es impredecible si están apoyados o no por hacer esto o siendo atacados por hacer esto en algunos casos. Así que todavía hay un componente anti ciencia en respuesta a lo que mucha gente está experimentando. Pero creo que, en general, ha habido un aumento en el interés por interactuar con expertos y escucharlos, personas con experiencia real en el tema de la epidemiología y las enfermedades infecciosas. Y así, por ejemplo, algunos de mis amigos que probablemente llegaron a Twitter a regañadientes hace cuatro o cinco años, ahora tienen cuentas de seguidores de como 300,000 porque han estado muy involucrados en comentar sobre la epidemiología del coronavirus e interactuando con el público de una manera en que la gente realmente quiere escuchar lo que tienen que decir. Así que creo, que me ha impresionado la cantidad de personas que son buenos científicos trabajando en este tema, han reconocido la necesidad y realmente han aprendido cómo hacer un buen trabajo en la comunicación en este momento. P: Hay una pregunta de Emily diciendo que muchos lugares en California ahora requieren usar mascarillas cuando se sale y la pregunta es, ¿realmente las mascarillas ayudan a prevenir que alguien se infecte? Porque he oído que el virus es tan pequeño que puede pasar. Y esta puede ser una pregunta que usted podrá responder dada su experiencia en esto. He estado siguiendo esto bastante en el último par de semanas. Se han publicado unos diez estudios científicos en las últimas dos semanas sobre este tema. No todos son consistentes entre sí, así que hay algunas ambigüedades aquí sobre exactamente lo que se recomienda y lo que es útil, pero creo que es bastante claro, si se mira la diversidad completa de todas las publicaciones e informes que ciertos tipos de mascarillas, como mascarillas quirúrgicas, sin duda pueden reducir la probabilidad de que alguien que está infectado propagará la infección a otras personas a su alrededor. No elimina la posibilidad, pero reduce la posibilidad. Las mascarillas de tela caseras que muchas personas están usando u otros tipos de mascarillas de tela no son tan buenas en hacerlo como lo son las mascarillas quirúrgicas, pero todavía parecen estar propensas a ayudar a reducir la transmisión. Si o no las mascarillas protegen a los individuos de ser contagiados por sí mismos depende mucho de cuan exactamente usted utiliza la mascarilla y qué tipo de mascarilla. Si usted sale a una tienda de comestibles y usted está usando una mascarilla quirúrgica, probablemente puede protegerlo de tener algunos tipos de exposición. Pero si luego, cuando llega a casa, si le han tocado el exterior de la mascarilla cuando se la quita, o se pone la mascarilla quirúrgica en algún entorno con el que va a entrar en contacto después, eso no necesariamente lo ayuda. Así que voy a tratar, tal vez lo voy a compartir con usted después, lo voy a tratar de enviar. Vi una buena guía para buscar, una buena guía sobre cómo usar mascarillas y cómo ponerlas, pero ciertamente parecen ser propensas a ayudar a reducir la exposición levemente. Esta es la parte complicada de la historia. Así que cuando comenzó la pandemia, todo el mundo decía que la principal vía de transmisión era a través de partículas de una persona infectada que llegaron a una persona no infectada, o llegaron a una superficie que una persona no infectada luego tocó con sus manos y luego contrajo. Por eso todo el mundo decía que lavara sus manos todo el tiempo y por eso la gente decía que tenía que estar a unos seis pies de la gente porque las partículas, como si estuviera tosiendo o estornudando, las partículas en general se desplomarán debido a la gravedad y si está lo suficientemente lejos de alguien, usted no se expondrá a esas gotas. Si las manos de la persona están infectadas y usted las toca, usted tiene que lavar sus manos. Si toca algo en lo que alguien estornudó, usted tiene que lavar sus manos. Por eso le recomendaron lavar sus manos y mantener una distancia razonable de la gente. Sin embargo, cada vez hay más pruebas de que el virus también se transmite por el aire. Es decir, además de las partículas, actúa como un aerosol y luego puede propagarse un poco, al menos, un poco en el aire, más de seis pies, lo que las partículas se extenderían. Y el problema con esto es que las mascarillas también, excepto por las mascarillas N95 si las usa correctamente, todas las otras máscaras no lo protegen muy bien contra la versión en aerosol del virus. Y no está claro ahora mismo si la ruta del aerosol es o no una ruta importante para la transmisión del virus. Pero creo que vale la pena preocuparse por eso por ahora y tratar de ser muy cuidadoso, no es sólo mantenerse a seis pies de las personas. No quiere estar en un ambiente cerrado con mucha gente, incluso si está a seis pies de ellos por un largo período de tiempo. Así que si está en una habitación pequeña como un dormitorio y está de pie en el lado opuesto del dormitorio, a seis pies de distancia de alguien y sus gotas esta llegando a usted, es probable que haya cosas en el aire de ese dormitorio a las que podría exponerse. Si está afuera, es un problema menor, tiene sentido. Así que no está claro. Las publicaciones que han salido en la última semana, algunos sugieren que la aerosolización es en realidad una gran preocupación, y algunos sugieren que no es una gran preocupación, y simplemente no lo sabemos en este momento. P: Así que una pregunta más sobre eso, ¿qué hay de la posibilidad de hacer una especie de muestreo ambiental como lo ha hecho antes? Me gustaría saber qué áreas, ¿puede ir a un supermercado y luego frotar cada superficie que la gente toca, y luego detectar el virus? Es interesante que preguntes eso. Hemos presentado cuatro propuestas de subvención en esto en la última semana y dedicamos, yo dediqué, la gente en mi laboratorio dedicó unas horas ayer hablando de hacer muestras ambientales. En realidad vamos a empezar nuestro primer muestreo ambiental para COVID probablemente en un día o dos en colaboración con el Hospital UC Davis. Y estamos tratando de desarrollar las técnicas que serían necesarias para hacer esto, para que podamos hacer estudios como usted está diciendo, nos gustaría poder estudiar otros entornos edificados para la abundancia del virus en esos entornos y en muestras de aire en el ambiente, y nosotros y muchas otras personas estamos tratando de aumentar la capacidad de hacer ese tipo de pruebas ambientales. El desafío en este momento es que no queremos, no queremos quitar de la prueba clínica que se necesita. Y desafortunadamente, las pruebas ambientales actualmente requieren los mismos reactivos exactos que las pruebas clínicas requieren. Así que lo principal que estamos tratando de averiguar es, ¿podemos hacer el muestreo ambiental con otros tipos de reactivos que no quitan ninguna de las pruebas clínicas que se necesitan? En eso estamos trabajando. P: Y hay una espacio de tiempo para ello. No puede esperar mucho antes de que no pueda hacer las pruebas ambientales. Así que hay un espacio finito, en el que puede hacer esto, supongo. Creo, que depende del entorno en el que estamos interesados en hacer eso, pero quiero decir, creo que ciertamente, estamos pensando para los próximos seis meses, el próximo año, además de querer examinar a mucha gente, también queremos saber qué tan efectivas son nuestras prácticas de limpieza y dónde está la transmisión que no se deben a alguien estornudando en usted.
1 Comment
andrea
3/16/2022 03:54:52 pm
muy buen post, es obvio que las mejoras en vacunas y ADN es el futuro, poco a poco los <a href="https//cuadrosmedicos.es">médicos</a> irán por este camino
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AutoraEsta pagina, las transcripciones y las traducciones fueron compuestas por nuestra científica postdoctoral Alexandra Colón-Rodríguez, PhD. |